对于食品加工业而言，有效的灭杀空气环境中的细菌，方能保证食品在生产过程中免遭二次污染。目前，常使用的杀菌消毒方法有紫外线、臭氧及NICOLER消毒技术。它们都用于空间环境的杀菌消毒，至于说哪种杀菌方式效果更好，不能明确界定，因为各有优缺点，以下从各种消毒方式的杀菌特性来综述：
臭氧的化学式是O3,比空气重。臭氧是一种广谱杀菌剂。臭氧灭菌属溶菌级，杀菌彻底，无残留，可杀灭细菌繁殖体和芽孢、病毒、真菌等，并可破坏肉毒杆菌毒素，不仅对各种细菌有极强的杀灭作用，对杀死霉菌也很有效.影响臭氧杀菌的因素有湿度、温度、新鲜空气量、臭氧发生量、臭氧杀菌时间等，可同步对空气、物体表面、水消毒。
臭氧消毒并不是闻到臭味就表明在杀菌，一般而言，臭氧消毒时室内相对湿度≥70%，臭氧浓度≥20mg/m3，消毒时间为30分钟以上，杀菌率达93%-。臭氧产生的原理为：将空气中的氧离子（0）电离成活性氧（O3），所以，所以工业使用需要配套制氧机或氧气管，方可保证足够的新鲜空气。臭氧消毒时对人体有毒性作用，因此不能在有人情况下使用，而且消毒后须在关机40分钟后方能进入车间。
紫外线杀菌原理为：细菌吸收紫外线后，引起DNA链断裂，造成核酸和蛋白的交联破裂，杀灭核酸的生物活性，致细菌死亡，杀菌效率可达96％－99.9％。其安装方式为，固定吊装在天花板距地面2米（1.5米效果更好）的高度向下直接照射，按每立方米紫外线灯瓦数≥1.5W计算出装灯数，每次照射30分钟以上。由于紫外线的穿透力较弱，在每次使用前建议使用酒精棉球擦拭灯管，因此在消毒时，车间内保持清洁干燥，减少尘埃和水雾，温度低于20℃或高于40℃、相对湿度大于60%应该适当延长照射时间。
紫外线灯得使用时间和辐照强度成反比，一般使用寿命不得超过1000小时就须更换灯管，建议使用过程中配备紫外线照度计监测辐照强度，也可记录使用时间作为更换灯管依据。由于紫外线的辐照对人体皮肤、眼睛有危害，所以也不能在有人情况下使用。
NICOLER动态消毒技术是近年来才被广泛使用的消毒技术，主要用于食品企业的包装、冷却及灌装环节，其杀菌消毒原理为：通过特殊的脉冲信号使得NICOLER发生腔产生逆电效应，生成大量的杀菌因子，整个杀菌过程只需0.1秒，使生产车间的环境保持在相对的“无菌无尘”状态。在对车间消毒时，人可同时在车间内工作，对人体没有任何危害，所以， NICOLER空气消毒机也称作“食品动态消毒机”。
该机器使用方法很简便，在工人上班时开机、过程中不关机持续不间断杀菌，工人下班后同步关机。据北海某饼业有限公司在2011年7月15～16日的杀菌效果检测如下：采用YKJ-2500型食品动态消毒机在60平方的车间，开机前1281个/ m3，消毒机开启1小时候156个/m3，开机2小时后93个/ m3，符合企业标准及国家标准。
综上所述，紫外线、臭氧属于静态杀菌方法，NICOLER空气消毒机属于动态杀菌措施，三方法在加工车间的消毒中都有优缺点，而把三种方法结合起来，恰好能取长补短。
现以江苏某食品有限公司烘焙车间实际操作为例来讲述三种消毒方法的综合应用：工人上班后，采用NICOLER动态消毒技术杀灭内包车间、冷却车间空气中细菌；包材间采用紫外线灯管持续杀菌，取材时关灯反则开灯。工人下班后，内包车间、冷却车间采用臭氧持续杀菌；其他配料间、成型间、烘烤间、更衣室等采用紫外线夜晚杀菌。若用白加黑感冒药做比喻的话，白天使用NICOLER动态杀菌技术、夜晚使用紫外线、臭氧，控制含菌空气二次污染食品的效果更加好！